膠囊劑在制取全過程中受微生物菌種環(huán)境污染的機遇許多，如空囊殼在運送和儲放全過程中，在制做添充的全部全過程中，內、外包裝盒原材料等都是環(huán)境污染微生物菌種。中藥材全粉做成膠囊劑環(huán)境污染更比較嚴重，處理方式不正確，經(jīng)常在儲放全過程中就出現(xiàn)內容物成軒或成條索。

GMP膠囊口服制劑潔凈車間應遵照“三融洽”標準即人工流產(chǎn)貨運物流融洽、生產(chǎn)流程融洽、清潔級別融洽，恰當區(qū)劃生產(chǎn)制造生產(chǎn)流程。中生產(chǎn)制造地區(qū)的清潔差別，按生產(chǎn)流程有效布局，防止生產(chǎn)工藝流程的曲折、來回與人、貨運物流交叉式等。

潔凈車間軟膠囊劑和硬膠囊劑一樣能遮蓋藥品的欠佳味道、降低刺激、避免氧化分解以提升藥品的可靠性。軟膠囊劑生產(chǎn)制造的全部曝露工藝流程也均應處于三十萬級的清潔自然環(huán)境中，軟膠囊室內溫度去濕用的低環(huán)境濕度氣體的潔凈度等級也理應是同一清潔級別。